Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan merupakan salah satu fakultas tertua di Universitas Ahmad Dahlan. Universitas Ahmad Dahlan yang dahulu bernama IKP Muhammadiyah Yogyakarta telah berdiri sejak tahun 1960, dimana FKIP merupakan salah satu fakultas perintis. Pada awalnya Universitas Ahmad Dahlan (d.h. IKIP Muhammadiyah) memiliki Program Studi Kurikulum dan Teknologi Pendidikan dan Bimbingan Konseling. Pada tahun 1994, IKIP Muhammadiyah beralih fungsi menjadi Universitas Ahmad Dahlan, dengan mengembangkan berbagai Program Studi non kependidikan. Sebelum tahun 2008 FKIP memiliki enam program studi yaitu, Program studi PPKn, PBSI, PBI, Pendidikan Matematika, Pendidikan Biologi dan Pendidkan Fisika. Restrukturisasi di UAD tahun 2008, Fakultas Ilmu Pendidikan yang memiliki Program Studi Bimbingan dan Konseling bergabung dengan Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan. Latar belakang restrukturisasi tersebut adalah upaya untuk penyesuaian dalam sistem pengelolaan, efektivitas dan efisiensi managerial, peningkatan kapasitas sistem administrasi, kurikulum, manajemen sumber daya, dan organisasi kemahasiswaan. Selain itu, restrukturisasi tersebut memberikan peluang pengembangan sumber daya manusia, serta peningkatan peluang dalam penataan profesi Keguruan. Program studi di lingkungan FKIP UAD bertambah pada tahun 2012 dengan berdirinya Program Studi Pendidikan Guru Sekolah Dasar dan Pendidikan Guru Anak Usia Dini.