Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) beserta Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP) berdiri setelah alih fungsi Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Muhammadiyah Yogyakarta menjadi Universitas Ahmad Dahlan (UAD) pada tahun 1994. Kedua fakultas ini didirikan sebagai pelaksana akademik bagi jurusan-jurusan kependidikan yang diselenggarakan pada masa IKIP Muhammadiyah Yogyakarta.

FKIP membawahi program studi (yang di jaman IKIP berupa jurusan) Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia, Pendidikan Bahasa Inggris, Pendidikan Matematika, Pendidikan Fisika, Pendidikan Pancasila dan Kewarganegaraan. Sedangkan FIP membawahi program studi Bimbingan dan Konseling. Pada tahun 2008, kedua fakultas ini disatukan dengan menggunakan nama Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) berdasarkan Surat Keputusan Rektor Nomor 53 Tahun 2007.

Mengacu pada rumusan visi dan misi fakultas, FKIP menerapkan 5 standar kompetensi lulusan untuk menjaminan mutu kelulusan, yaitu: Standar Kompetensi Pedagogik, Standar Kompetensi Profesional, Standar Kompetensi Sosial, Standar Kompetensi Kepribadian Islami, dan Standar Kompetensi Teknologi.